В кратце. Указываешь ему файлы ape, flac или wav, ну и впридачу cue, чтоб он правильно все порезал. При необходимости подправляешь теги и жмешь пимпу "encode". Все, процесс пошел. После непродолжительного времени получаем наши mp3-шки (или ogg, или mpc, кому что надо).
Единственные манипуляции, которые нужно совершить (один раз), так это в настройках указать пути к кодировщикам, выбрать пресеты для этих кодировщиков (или в ручную вбить, если ты не домохозяйка и знаешь что там вписывать), и формат имени файлов на выходе.
Download/Скачать страница загрузки
Если нету дополнительных библиотек, то вот ссылки
Lame
OGG Vorbis
Monkey